故事发生的地点是在每千年回归一次的彗星造访过一个月之前，日本飞驒市的乡下小镇糸守町。在这里女高中生三叶每天都过着忧郁的生活，而她烦恼的不光有担任镇长的父亲所举行的选举运动，还有家传神社的古老习俗。在这个小小的城镇，周围都只是些爱瞎操心的老人。为此三叶对于大都市充满了憧憬。然而某一天，自己做了一个变成男孩子的梦。这里有着陌生的房间、陌生的朋友。而眼前出现的则是东京的街道。三叶虽然感到困惑，但是能够来到朝思暮想的都市生活，让她觉得神清气爽。另一方面在东京生活的男高中生立花泷也做了个奇怪的梦，他在一个从未去过的深山小镇中，变成了女高中生。两人就这样在梦中邂逅了彼此。