故事延续上一集的剧情，机械大军正在集中全力准备入侵隐藏在地底的人类最后都市锡安，另一方面，锡安的人民相信莫斐斯找到的这个救世主尼欧将会应验祭师的预言，终止人类与机器之间的战争，但是却没有人知道，这位救世主正被他自己的梦境所苦恼。母体发现人类最后的堡垒城市锡安原来藏在接近地球核心的深处，而人类只剩七十二小时能阻止几千艘状似乌贼的巡逻舰大举进攻。他们的唯一希望就是找到一名被称为关键人物的神秘人物，而他则是受到一对耍弹簧刀的大坏蛋双胞胎看守，这对白子双胞胎杀手拥有如鬼魂般的隐形能力。肩负维系人类存亡的重要任务，尼欧将会遇到更大的阻挠与挫折，他想象不到的命运选择也阻挡在他的面前。一切正如先知所说的，你不是来这里做选择，你早已经作出选择了，你只是来这里了解自己为何会做出这样的决定。万一他选错了呢？……